時は関ヶ原の戦いから十数年を経ていた。徳川家康により、豊臣家は大坂城に莫大な黄金と共に封じられていた。嵐の前の静けさか、京大阪では秘密裏に徳川・豊臣双方の間者が暗躍していた。
そんな時期に、伊賀忍者の頭領霧隠才蔵は人違いで何者かに襲われた。その真相を探るべく動きだした才蔵を、時勢の渦が捕らえてゆく。
真田幸村に忠誠を誓う猿飛佐助率いる甲賀の集団。謎の技を駆使する風魔の集団・伝説の忍者獅子王院との忍術合戦に、才蔵は命をかけて臨んでゆく。やがて、戦国期の終焉を告げる大坂の陣へ至る。

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